Como proyecto bandera de USAID a nivel global entre 2000 y 2005, PHRplus se enfocó en el fortalecimiento de las políticas y los sistemas de salud en países en desarrollo, incluyendo su ejecución en el Perú. La iniciativa dio continuidad a los esfuerzos previos en financiamiento y organización sectorial, introduciendo un nuevo énfasis en la participación comunitaria, la vigilancia de enfermedades infecciosas y la modernización de los sistemas de información.

El programa trabajó en la implementación de reformas estructurales, la generación de nuevas fuentes de financiamiento, el uso efectivo de fondos existentes y el diseño de sistemas de vigilancia epidemiológica. Asimismo, priorizó la mejora en la calidad de la atención por parte del personal de salud y aseguró la disponibilidad y el uso adecuado de suministros e insumos médicos esenciales.