El programa Frontera fue diseñado para consolidar la paz tras la firma del Acuerdo de Paz de 1998 entre el Perú y Ecuador, transformando zonas fronterizas históricamente aisladas.

El programa evolucionó en tres etapas marcadas:

• Fase I (Piloto, 1999–2000): Se centró en las comunidades rurales fronterizas de la sierra de Piura mediante el fortalecimiento de la gestión local para la planificación y ejecución, con participación comunitaria, de obras de infraestructura básica como agua, saneamiento, caminos y escuelas.
• Fase II (2000–2004): Dirigida al desarrollo integral de las comunidades fronterizas en Piura, Condorcanqui y Río Napo. El enfoque fue el desarrollo humano con carácter intercultural, con énfasis en salud básica, educación, seguridad alimentaria, protección de los derechos humanos (especialmente de mujeres, niños y niñas y poblaciones indígenas) y el apoyo al Acuerdo de Paz.
• Fase III (2004–2007): La integración se basó en el mejoramiento del comercio y la infraestructura estratégica. Las actividades se centraron en facilitar el acceso a mercados, el registro de negocios, servicios económicos y financieros para microempresarios y agricultores, y la mejora de la infraestructura clave para el intercambio comercial en la frontera, con énfasis en Tumbes, Piura, Cajamarca y Amazonas.